Seitens der UNO wurden keine Angaben zu den Gründen des Rücktritts Bakers gemacht. Aus diplomatischen Kreisen verlautete jedoch, US-Präsident George W. Bush habe seinen republikanischen Parteifreund gebeten, ihn bei seinem Wahlkampf zu unterstützen. Unter dem Präsidenten George Bush senior hatte Baker das Amt des Außenministers bekleidet und war nach dem Golfkrieg von 1991 einer der Hauptinitiatoren der Nahost-Konferenz in Madrid.
Anfang 2003 formulierte Baker einen Friedensplan für die von Marokko besetzte ehemalige spanische Kolonie Westsahara (Sahara Occidental). Dieser sieht vor, die Bevölkerung bis 2008 in einem Referendum darüber entscheiden zu lassen, ob sie die Unabhängigkeit will oder zu Marokko gehören möchte. Während die in Algerien etablierte Exilregierung der Demokratischen Arabischen Republik Sahara (DARS) dem Baker-Plan zugestimmt hat, wird er von Marokko abgelehnt. Eine von Marokko geforderte Autonomielösung wird der früheren Kolonialmacht Spanien, sowie von den ständigen UNO-Sicherheitsratsmitgliedern China und Russland abgelehnt.