Die Sexszenen zwischen den beiden Knaben und ihrem Trainer ließen niemanden im Publikum gleichgültig, einige Besucher verließen den Saal. Der Schock ist umso größer, als der Erzieher nicht diabolisiert wird, sondern fast als sympathische Figur gezeigt wird.
Die beiden Jungen reagieren sehr unterschiedlich auf das, was ihnen zugestoßen ist. Während der eine mit 18 Jahren diese Episode seines Lebens vollkommen verdrängt, driftet der andere in die Prostitution ab. Ihre Wege kreuzen sich noch einmal und eröffnen ihnen die Möglichkeit eines Neuanfangs.
Für den Regisseur ist "Mysterious Skin" ein "sehr ehrlicher Film", ein kinematografisches Ereignis, das "zugleich schön, provokant und tief bewegend" sei. "Der Film versucht zu verstehen, was Kindheit ist und was es bedeutet, zu versuchen erwachsen zu werden", so Akari.