Hughes kam 1967 von Black- nach Liverpool, wo Bill Shankly gerade im Begriff war die Grundlagen für jenes Team zu legen, das ab Mitte der 70er Jahre unter Bob Paisley die Szene in England wie auch in Europa zu dominierte. In Blackpool hatte der damals 19-Jährige seinen ersten Profivertrag unterschrieben, doch er blieb bloß für 29 Spiele. Die Transfersumme betrug 65.000 Pfund. Mit dem Ligacup gewann Hughes den letzten noch offenen nationalen Titel 1980 mit den Wolverhampton Wanderers, zu denen er ein Jahr zuvor gewechselt war.
Hughes begann als Mittelfeldspieler, lernte dann aber zum Innenverteidiger um. Sein unbändiger Kampfgeist brachte ihm den Spitznamen "Crazy Horse" ein. "Jene Glücklichen die ihn spielen sahen, werden sich an seinen grenzenlosen Enthusiasmus und seinen hundertprozentigen Einsatz für den Verein erinnern", hieß es auf der Website des FC Liverpool.
Nachdem er dem Topfußball den Rücken gekehrt hatte, war er in Rotherham als Spielertrainer aktiv. Auch für Hull, Mansfield und Swansea lief er auf. 1980 wurde ihm für Verdienste im Sport in den Order of the British Empire aufgenommen.