Zwei Swiss-Flugzeuge waren am 23. November 2002 knapp einer Kollision mit je einem anderen Flugzeug entgangen. Der erste Vorfall entstand, weil der zuständige Platzverkehrsleiter die Kontrolle über die Verkehrsabwicklung verloren hatte. Der Pilot der Swiss-Maschine konnte den Zusammenstoß verhindern, indem er kurz nach dem Aufsetzen eine Vollbremsung einleitete.
Beim zweiten Vorfall am selben Tag wollte ein Pilot eine Saab 2000 der Swiss mit 29 Personen an Bord auf der Piste 28 starten. Dabei merkte er, dass sich von rechts eine Boeing 737 der Air France näherte. Die Swiss-Maschine überflog darauf die Boeing knapp. Der Unfall ist auf unkonzentriertes Rollverhalten durch die Besatzung der Boeing zurückzuführen.
Ein dritter Vorfall ereignete sich am 6. Dezember 2002 ein paar Kilometer südwestlich des Flughafens Zürich. Beteiligt waren ein Flugzeug der Swiss und eines der Alitalia. Beide waren zuvor in Zürich gestartet. Die beiden Flugzeuge kamen sich gefährlich nahe. Laut BFU ist der Vorfall darauf zurückzuführen, dass das Startintervall der beiden Flugzeuge zu kurz gewählt war.
In Genf schließlich stießen am 15. März 2003 beinahe eine Alitalia-Maschine und ein Privatflugzeug zusammen. Das Linienflugzeug war gerade beim Abheben, das von Toulouse kommenden Privatflugzeug setzte zur Landung an, als sie einander gefährlich nahe kamen, weil der Pilot des Privatflugzeugs den Instruktionen des Towers nicht Folge geleistet hatte.