Die Basisfinanzierung, der 2002 ausgegliederten Agentur liegt 2005 bei 55,9 Mio. und 2006 bei 55,2 Mio. Euro. Danach sinkt sie auf 54,5 Mio./ Jahr. Damit ist man nach wie vor weit von den 90 Mio. Euro entfernt, die das Beratungsunternehmen Seidl/ROI in einer Ausgliederungsexpertise für notwendig erachtet hatte. Einer Einschätzung, der sich der Rechnungshof mit der Befürchtung anschließt, dass "wegen der geringen Basisdotierung und der Forcierung privatwirtschaftlicher Einnahmen der gesundheitspolitische Versorgungsauftrag zu kurz kommen würde."
Was Moser vor allem ärgert: Gespart werde nicht "im gut dotierten Landwirtschaftsbereich" - für die Ages ist auch Landwirtschaftsminister Pröll zuständig - sondern bei den Lebensmittelkontrollen".
Den Ministervorgaben zufolge soll die Ages künftig mit privatwirtschaftlichen Strategien neue Märkte akquirieren, um eigenständig Zusatz-Cash aufzutreiben. Dadurch, so Rauch-Kallat, könnte "die Kapitalgesellschaft über das Geld verfügen und müsste nichts mehr an den Finanzminister abliefern". Kritiker halten dem entgegen, dass die Umstrukturierung vielmehr fatale Folgen haben werde. Aus Sparsamkeitsgründen drohe die Auslagerung von sensiblen Proben an Billiglabors. Und durch die geplante Standortkonzentration von 18 auf neuen werde bei Detailanalysen von frischen Proben, etwa Fleisch, gespart.