Mainoni forderte, dass die Art der Vernetzung einer Spitzen-Uni mit bestehenden Universitäten und anderen Forschungseinrichtungen definiert werden müsse. Damit solle Konkurrenz verhindert werden. Bezüglich der inhaltlichen Ausrichtung müssten neben dem naturwissenschaftlichen, geisteswissenschaftlichen und wirtschaftswissenschaftlichen auch der sozialwissenschaftliche Bereich zum Zug kommen.
Weiters müsse sichergestellt werden, dass bestehende exzellente Förderungswerber in ihren Förderansuchen durch die Konkurrenz zur Spitzen-Uni nicht benachteiligt werden. Das gelte ganz besonders für den Fonds zur Förderung der wissenschaftlichen Forschung (FWF), dieser müsste jedenfalls aufgestockt werden. Mainoni begrüßte die Ankündigung, dass "junge Talente aus aller Welt" an dem neuen Institut studieren sollen. Allerdings dürfe dieser Umstand nicht dazu führen, dass Hochbegabte aus Österreich wegen des internationalen Andrangs nicht aufgenommen werden.
Grünewald kritisierte, dass ohne ein einziges Gespräch mit Kritikern nun über 80 Millionen Euro als Startkapitel in eine 'Exzellenz-Universität' investiert werden. Alternativen von lokalen Schwerpunktsetzungen in Kooperation mit dem FWF und der Akademie der Wissenschaften würden ignoriert.
Niemand könne sagen, woher das Geld komme. Die Aussagen und Versprechen von Bildungsministerin Elisabeth Gehrer (V), den Universitäten nichts wegzunehmen, seien unzureichend, zumal die Unis in den vergangenen Jahren "finanziell ausgeräumt" worden seien. "Die Universitäten brauchen einfach mehr Geld", so Grünewald.