An der Donau in Ulm und Neu-Ulm sowie an der Iller gingen die Pegel in der Nacht stark zurück, wie die Feuerwehr mitteilte. Für den Flussabschnitt von Kelheim bis Passau blieb die Flutwelle in der Nacht unter den Prognosen. Für den Vormittag wurde der Höchststand erwartet. Mit größeren Schäden rechnete das Lagezentrum der Polizei Niederbayern aber nicht. Bei Kelheim erreichte das Hochwasser am Abend das Kloster Weltenburg. Die Behörden befürchteten, dass das Wasser noch in die Klosterkirche eindringen könnte.
In der Drei-Flüsse-Stadt Passau, wo sich die Hochwassersituation am Mittwochnachmittag überraschend zugespitzt hatte, sank der Pegel des Inns seit dem Abend wieder. Auch der Wasserstand der Donau fiel. Allerdings erwartete die Polizei für Donnerstag auch hier ein erneutes Ansteigen des Donaupegels. In Landshut bereiteten sich Bewohner und Hilfskräfte mit tausenden Sandsäcken auf die für den Vormittag erwartete Flutwelle der Isar vor. Dort wurde mit einem höheren Pegelstand als beim Pfingsthochwasser 1999 gerechnet. In Erding war die Lage am Morgen wegen eines aufgeweichten Deiches kritisch. Hilfskräfte verstärkten den Deich an der Isar.