Nur 41,5 Prozent stimmten nach dem vorläufigen Ergebnis dem Entwurf zu. Kibaki hat am Dienstag in einer Rundfunkansprache das Scheitern des Projektes eingeräumt. Auf den Straßen von Nairobi feierten jubelnde Anhänger der Opposition ihren Sieg.
Die neue Verfassung hatte zum Ziel, das jahrzehntelang autokratisch geführte und unter Korruption leidende Land effizienter führen zu können. Es wäre die erste grundlegende Reform der staatlichen Ordnung in dem ostafrikanischen Land seit der Unabhängigkeit von Großbritannien 1963 gewesen.
Der Verfassungsentwurf ließ jedoch die weit reichenden Vollmachten des Präsidenten intakt. Dies war der Hauptstreitpunkt an dem Text. Die im ursprünglichen Verfassungsentwurf gemäß einer Forderung der Opposition vorgesehene Schaffung eines starken Regierungschefs neben dem Präsidenten wurde zudem im Verlauf der Beratungen rückgängig gemacht: Das Amt eines Ministerpräsidenten hätte zwar eingeführt werden sollen, es sollte aber hauptsächlich auf Repräsentationsaufgaben beschränkt werden.
Der Verfassungsentwurf sah zudem gleiches Erbrecht für Männer und Frauen vor. Darüber hinaus hätten in der neuen Verfassung die Rechte von Ausländern, Land zu besitzen, beschränkt werden sollen.
Die Opposition um den Sohn des in Kenia verehrten ersten Staatspräsidenten Jomo Kenyatta, Uhuru Kenyatta, lehnte die Verfassung ab. Auch Mitglieder der Kibaki-Regierung hatten sich den Gegnern angeschlossen, obwohl Kibaki ihnen mit Entlassung drohte.
Das Ergebnis galt als Stimmungstest für die Präsidentenwahlen 2007. Kibaki hatte sich den Kampf gegen die grassierende Korruption und die Arbeitslosigkeit auf die Fahnen geschrieben und war 2002 mit großen Hoffnungen gewählt worden. Kritiker werfen ihm jedoch vor, weit hinter seinen Versprechungen zurückgeblieben zu sein.
"Die Abstimmung hat klar gezeigt, dass die Mehrheit gegen die vorgeschlagene Verfassung ist", akzeptierte Kibaki die Niederlage. Seine Regierung werde das Ergebnis respektieren.
Weil viele Einwohner des ostafrikanischen Landes nicht lesen können, stand auf den Stimmzetteln eine Banane für ein Ja und eine Orange für ein Nein. Die Kenianer folgten bei ihrer Entscheidung zum größten Teil ihrer Stammeszugehörigkeit. Die Kikuyu, Meru und Embu stimmten meist mit Ja, während die Luo, Luhya und Kalenjin dem Zeichen der Orange folgten. Die Kikuyu sind der größte Stamm in Kenia, zu ihnen gehört auch Präsident Kibaki.
Nach Schließung der meisten Wahllokale wurde vereinzelt von Unregelmäßigkeiten berichtet. Demnach soll es in manchen Gegenden Stimmenkauf und manipulierte Wählerverzeichnisse gegeben haben.