Uganda:
Gegen fünf Personen wurde Haftbefehl erlassen - es waren zugleich die ersten Haftbefehle, die vom IStGH ausgestellt wurden - und zwar gegen die Führer der so genannten "Lord´s Resistance Army" (LRA) Joseph Kony, Vincent Otti, Raska Lukwiya, Okot Odhiambo und Dominic Ongwen. Ihnen werden schwere Verbrechen zur Last gelegt, die Anklageschrift nennt für die Zeit von Juli 2002 bis Juni 2004 über 2000 Morde und mehr als 3000 Entführungen.
Kongo:
Das zentralafrikanische Bürgerkriegsland war im Juni 2004 das erste Land, gegen das der Chefankläger des IStGH, der Argentinier Luis Moreno Ocampo, ein Verfahren einleitete. Er wirft den Konfliktparteien schwere Verbrechen wie Vergewaltigungen, Folterungen und Hinrichtungen vor. Der ehemalige kongolesische Milizenführer Thomas Lubanga ist der Erste, gegen den der IStGH Anklage erhoben hat.
Sudan:
Wegen des Konflikts in der Krisenprovinz Darfur wurde erstmals der UNO-Sicherheitsrat aktiv, da der Sudan kein Vertragsstaat des Gerichtshofs ist, benötigte man ein Mandat des Weltsicherheitsrats. Am 31. März 2006 stimmten 11 der 15 Mitgliedsstaaten der von Frankreich eingebrachten Resolution zu, mit der der IStGH mit dem Fall betraut wurde.
Im April 2006 erklärte der Chefankläger Moreno Ocampo, dass dem Gericht Informationen über "Massaker großen Ausmaßes" in Darfur vorliegen. Er berichtete dem Weltsicherheitsrat "tausenden Anschuldigungen über Morde an Zivilisten durch die Konfliktparteien". Er untersuche Beschuldigungen, wonach einige Konfliktparteien "mit Völkermordabsicht" handelten.