Dem Angeklagten wird vorgeworfen, Anfang der 1990er zwei Massaker angeordnet zu haben, bei denen insgesamt 25 Menschen getötet wurden. Zudem werden ihm zwei Entführungsfälle zur Last gelegt. Dem 69-Jährigen drohen im Falle einer Verurteilung bis zu 30 Jahre Haft.
In einer sehr emotionalen Rede bezeichnete sich Fujimori kurz nach Beginn des als historisch bezeichneten Prozesses als unschuldig. In dem Verfahren muss sich zum ersten Mal ein peruanischen Präsident für Verbrechen während seiner Amtszeit verantworten. "In meiner Regierungszeit wurden die Menschenrechte von 25 Millionen Peruanern respektiert", behauptete der Angeklagte teilweise laut schreiend und wild gestikulierend. "Ich weise alle Beschuldigungen zurück."
Der Prozess könnte viele Monate dauern, da auch der gewalttätige Konflikt zwischen linken Rebellen und dem Staat von 1980 bis 2000 die Verhandlungen beeinflussen dürfte. In diesem Konflikt, in den auch der derzeitige Präsident Alan García verwickelt war, wurden insgesamt 70.00 Menschen getötet. García war erstmals von 1985 bis 1990 Präsident und hatte das Land wirtschaftlich ruiniert. Es wird erwartet, dass Fujimori dies zu seiner Rechtfertigung nutzen könnte.