Mit Blick auf die Vergangenheit der PDS als DDR-Staatspartei sagte die frühere Grünen-Chefin, die PDS habe noch beträchtlichen Anpassungsbedarf. Zugleich wandte sich Künast gegen eine Verteufelung der PDS. Wegen der Kooperation mit der PDS ist unter anderem der ehemalige DDR-Bürgerrechtler Konrad Weiß aus der Grünen-Partei ausgetreten. Ein Grüner im Abgeordnetenhaus hat ebenfalls die Partei verlassen.
Mit Gabriel kritisierte erstmals auch ein Spitzenpolitiker der SPD die Zusammenarbeit mit den Postkommunisten nach Neuwahlen in Berlin. "Die SPD muss dafür kämpfen, dass sie die PDS niemals braucht. In Berlin nicht und erst recht nicht im Bund." Diese Kritik an dem von Bundeskanzler Gerhard Schröder verfolgten Annäherungskurs an die PDS überrascht, da Gabriel Schöders Nachfolger in Niedersachsen ist und als Zögling des SPD-Chefs gilt.
Der SPD-Fraktionschef im Bundestag, Peter Struck, widersprach dagegen offen Generalsekretär Franz Müntefering. Struck schloss ein Bündnis mit der PDS auf Bundesebene kategorisch aus. Die PDS habe keine vertretbaren Konzepte im Bereich Außen-und Verteidigungspolitik sowie die Wirtschafts- und Finanzpolitik. Müntefering hatte eine Regierungszusammenarbeit seiner Partei mit der PDS im Bund zwar für 2002 ausgeschlossen, aber für 2006 offen gelassen.
Der Regierende Berliner Bürgermeister und SPD-Spitzenkandidat, Klaus Wowereit, schloss unterdessen eine Neuauflage der großen Koalition mit der CDU aus. Er forderte die PDS auf, sich von der ehemaligen DDR zu distanzieren und sich bei den Opfern zu entschuldigen.