Khan hat reiche Erfahrung mit Unterdrückten und Vertriebenen. 21 Jahre hat sie für das UN-Flüchtlingshochkommissariat gearbeitet. Sie leitete zeitweise die UNHCR-Vertretung in Indien, sie war in Vietnam, Kambodscha, Bosnien-Herzegowina und dem Kosovo. 1999 war sie Leiterin des Kriseneinsatzes in Mazedonien. Zuletzt arbeitete sie als Vizedirektorin in der UNHCR-Abteilung für Internationalen Rechtsschutz. "Die Rechte von Flüchtlingen und Vertriebenen sind mir ein besonderes Anliegen geworden", betonte sie in einer Amnesty-internen Publikation. Kollegen beschreiben sie als "standhaft und kompromisslos", wenn es um den Schutz von Vertriebenen geht. UNHCR-Sprecher Kris Janowski streut ihr Rosen: "Sie ist sehr gut, sehr fähig und sehr engagiert. Sie war eine der intelligentesten Mitarbeiter unserer Organisation überhaupt." Sie sei keine Bürokratin, sondern es liege ihr am Herzen, was in der Welt vor sich gehe.
Khan hält es für keinen Zufall, dass mit ihr erstmals eine Asiatin und Muslimin an der Spitze der weltweit agierenden Organisation steht, der mehr als eine Millionen Mitglieder und Förderer angehören, mit Vertretungen in 54 Staaten. "Amnesty braucht als globale Bewegung die Vielfalt der Perspektiven auch in den eigenen Reihen." Die Bewegung führt intern intensive Debatten, wie in Zukunft ihr Engagement aussehen soll: neben dem Kampf für politische Freiheiten der Einsatz für soziale und wirtschaftliche Menschenrechte sowie der Schutz von Frauen, Kindern und Volksgruppen. Khan definiert die neuen Aufgaben: Neben dem klassischen ai-Klienten, dem verfolgten Führer und regimekritischen Intellektuellen, müsse Amnesty häufiger für Opfer aus der einfachen Bevölkerung eintreten. Dazu gehörten Zivilisten, die in etwa in Bürgerkriegen zwischen die Fronten gerieten, oder auch Kindersoldaten und Landlose. Amnesty als "Organisation der breiten Massen, für die breiten Massen" - so wünscht sich Khan das zukünftige Gesicht der Bewegung. Khans Vorgänger Sané nahm vor allem die Verantwortung der multinationalen Konzerne für die zunehmende Armut in Visier.