Der Rechnungshof überprüfte die finanzielle Situation der ÖAI im Bereich der Teilrechtsfähigkeit zwischen den Jahren 2000 und 2005. Die an den Rechnungshof übermittelten Jahresabschlüsse weisen etwa für das Jahr 2000 ein Minus von rund 3,7 Mio. Euro aus. Von 2001 bis 2004 bewegten sich die Verluste zwischen 2,1 und 2,3 Mio. Euro. Im Jahr 2005 ergab sich ein Defizit von 2, 7 Mio. Euro.
Seit mehr als 100 Jahren graben und forschen österreichische Archäologen in Ephesos. Die ersten Räume der so genannten Hanghäuser im Zentrum der antiken Stadt wurden von Wissenschaftern des ÖAI in den fünfziger Jahren freigelegt. Zu Finanzierung einer Überdachung freigelegter Hanghäuser nahm das ÖAI laut Rechnungshofbericht einen Bankkredit auf, für den das damalige Wissenschaftsministerium (BMWV) vertraglich eine Rückzahlungszusage übernahm. "Infolge wiederholter Projektausweitungen und des Ausfalls von Sponsorengeldern stiegen die Kosten für das BMBWK (Anm. Bundesministerium für Bildung, Wissenschaft und Kultur) bis Ende 2005 um mehr als das Zweieinhalbfache auf insgesamt 7,53 Mio. Euro."
Interimistischer Leiter des Instituts mit Zweigstellen in Athen und Kairo ist derzeit Johannes Koder, der mit Jahresbeginn das Amt von dem langjährigen Direktor Friedrich Krinzinger übernahm. Krinzinger hat nach wie vor die Federführung bei den österreichischen Grabungen in Ephesos inne. Damit entspricht das ÖAI einer Empfehlung des Rechnungshofes. Dieser legte in seinem Bericht dem Institut sowie dem Wissenschaftsministerium nahe, die Funktion des Direktors "von jener des Grabungsleiters in Ephesos/Türkei zu trennen". Zudem solle eine effektive Mitsprache der Mitarbeiter vorgesehen werden.