Als Neuaufführungen sollen unter anderem zentrale Werke von Verdi und Puccini sowie Wagners "Parzival" einstudiert werden. Schon bei der Einführung forderte Honeck, der ehemals Mitglied der Wiener Philharmoniker war, Umbauten am Stuttgarter Opernhaus. Der Orchestergraben müsse für eine bessere Akustik bei Bedarf aus der Tiefe nach oben gefahren werden können. Ein besonderer Klang eines Orchesters sei ihm das Wichtigste, sagte Honeck.
Erstmals wurde Honeck als Kapellmeister am Opernhaus Zürich verpflichtet, wo er 1993 den Europäischen Dirigentenpreis erhielt. Weitere Engagements führten nach Dresden, ins dänische Kopenhagen, nach Norwegen und Schweden. Zudem dirigierte er in den mehrere Radio-Sinfonieorchester in Europa, Japan und den USA. Im Sommer 2006 wird Honeck bei den Salzburger Festspielen dirigieren.